水菇现象，出菇量大，但子囊果个体瘦弱，菌盖肉质薄，质量轻，出菇3～4天后就表现出成熟时固有的颜色，明显早熟，不及时采收很快就会腐烂。地下菌索少并且入土短，大部分菌索未呈正常的白色，而呈黄褐色。发生水菇的原因是土壤长时间水分过多造成土壤缺氧，菌丝生长受限，胞内积累的养分少：羊肚菌原基分化期浇水过多，土壤含水量偏大。

羊肚菌原基分化期对空气湿度要求较高，一般需要空气湿度达到70%以上才有利于原基分化，空气湿度低会影响羊肚菌子实体原基分化，甚至不分化。此时要求既要有较高的空气湿度，土壤湿度又不能太高，土壤水分过重则影响菌索向土壤深处生长。生产中往往通过大量浇水增加空气湿度，但时也增加了土壤湿度，“水菇”现象也相应发生。羊肚菌子实体原基分化期空气湿度和土壤湿度形成了一对矛盾体。此时要采取喷雾增加空气湿度的方法，用150倍菌菇益生宝稀释液喷洒到空气，微生物活动促进原基分化。